திருநாவுக்கரசர் திருமுனைப்பாடி நாட்டில் உள்ள திருவாமூர் என்னும் திருத்தலத்தில் வேளாளர் குலத்தைச் சார்ந்த புகழனார் - மாதினி அம்மையார் தம்பதிகளுக்கு மகனாக அவதரித்தார். பெற்றோர் அவருக்கு இட்ட பெயர் மருள்நீக்கியார். அவருக்கு திலகவதியார் என்ற தமக்கையும் உண்டு. திலகவதியார் திருமண வயது அடைந்ததும் அவரைத் தமக்குத் திருமணம் செய்து வைக்கும்படி மன்னனிடம் தளபதியாக இருந்த சிவ பக்தரான கலிப்பகையார் கேட்டார். பெற்றோரும் மகிழ்ந்து திருமண ஏற்பாடுகள் செய்தபோது, அரசன் கலிப்பகையாரை வேற்று நாட்டின் மீது படையெடுக்க ஆணையிட்டான். போருக்கு சென்று நீண்ட நாள் ஆனதால் திலகவதியின் பெற்றோர்கள் இறந்தனர். கலிப்பகையாரும் போரில் உயிர் துறந்தார். எனவே திலகவதியார் திருமணம் செய்து கொள்ளாமல், சிவநெறியில் நின்று தனது தம்பியை வளர்த்து வந்தார்.

மருள்நீக்கியார் பல நூல்களையும், கலைகளையும் கற்று, சமணர்களுடன் ஏற்பட்ட தொடர்பால் சமண மதத்தில் சேர்ந்தார். தமக்கையார் எவ்வளவே அறிவுரை கூறியும் கேளாமல், சமணர்களின் தலைநகரமாகிய பாடலிபுத்திரத்தை அடைந்து "தருமசேனர்" என்ற பெயருடன் அவர்களுக்குத் தலைவரானர். திலகவதியார் திருவாமூரிலிருந்து பண்ருட்டி அருகில் உள்ள திருவதிகை என்ற தலத்தை அடைந்து, தம் தம்பி விரைவில் சைவ சமயத்திற்குத் திரும்ப வேண்டும் என்று இறைவனை வேண்டி இறைப்பணியில் ஈடுபட்டார்.

இந்நிலையில் தருமசேனருக்கு கொடிய சூலை நோய் ஏற்பட்டது. சமணர்கள் எவ்வளவோ முயன்றும் அந்தநோயை தீர்க்க முடியவில்லை. முடிவில் தருமசேனர் திலகவதியாரைத் தேடி திருவதிகையை அடைந்தார். திலகவதியார் அவரைக் கோயிலுக்கு அழைத்துச் சென்று திருநீறு வழங்கினார். தருமசேனர் சிவபெருமானை வணங்கி "கூற்றாயினவாறு விலக்ககிலீர்" என்ற பதிகம் பாட, சிவபெருமான் அவரது நோயை நீக்கி, "நாவுக்கரசர்" என்ற பட்டத்தையும் அளித்தார்.

திருநாவுக்கரசர் சைவ சமயத்திற்குத் திரும்பியதால், கோபமுற்ற சமணர்கள் மன்னன் மகேந்திரவர்மனை சந்தித்து திருநாவுக்கரசர் மேல் குற்றம் சாட்டினர். உடனே அரசன் சினம் கொண்டு அவரை அழைத்து வருமாறு உத்தரவிட்டான். அரசன் திருநாவுக்கரசரை சுண்ணாம்புக் களவாயில் வைத்துக் கொல்ல ஆணையிட்டான். ஒரு வாரம் கழித்துத் தீயை அணைத்துச் சுண்ணாம்புக் களவாயைத் திறக்க, திருநாவுக்கரசர் பத்திரமாக இருந்தார். எனவே, அவருக்கு நஞ்சூட்டிய சோறு கொடுத்தும், யானையை வைத்து இடறவும் முயன்று தோற்றனர். யானை நாவுக்கரசரை வணங்கி விட்டு சமணர்களைக் கொன்றது. பிறகு திருநாவுக்கரசரைக் கல்லில் கட்டிக் கடலில் போட்டனர். திருநாவுக்கரசர் "நமச்சிவாயப் பதிகம்" பாட, கல் கடலில் தெப்பமாக மிதந்து திருப்பாதிரிப்புலியூர் அருகே கரை சேர்ந்தார். இதைக் கேள்விபட்ட மன்னன் மனம் வருந்தி, அவரிடம் மன்னிப்புக் கேட்டு சைவ சமயத்தைத் தழுவினான்.

தான் சமண சமயத்தில் சேர்ந்த தவற்றை இறைவன் மன்னித்து விட்டாரா என்று அறிய விரும்பி, மன்னித்தது உண்மையானால் தன்மீது சிவச் சின்னமாகிய சூல முத்திரையை பொறிக்கும்படி வேண்டினார். சிவபெருமான் அருளால் ஒரு சிவபூதம் தோன்றி நாவுக்கரசரின் தோளில் சூலம், காளை முத்திரைகளை இட்டு மறைந்தது. பின்னர், பல தலங்களைத் தரிசனம் செய்துக் கொண்டு, திருஞானசம்பந்தரைப் பார்க்கும் பொருட்டு சீர்காழிக்குச் சென்றார். திருஞானசம்பந்தர், திருநாவுக்கரசரை வரவேற்று, "அப்பரே" என்று அழைத்தார். அன்று முதல் திருநாவுக்கரசர் "அப்பர்" ஆனார் திருநாவுக்கரசர், திருஞானசம்பந்தரை "பிள்ளையே" என்று அழைத்தார். அன்று முதல் ஞானசம்பந்தர் பிள்ளையானார்.

பல தலங்களுக்குச் சென்ற அப்பர் திங்களூரை அடைந்தார். அந்த ஊரில் அப்பூதி அடிகள் என்பவர் திருநாவுக்கரசர் மேல் அன்பு கொண்டு, அவர் பெயரில் அன்னசத்திரம், கிணறு, குளம், நந்தவனம் அமைத்தும், தம் பிள்ளைகளுக்கு அவர் பெயரைச் சூட்டியும் மகிழ்ந்தார். இதைக் கேள்விபட்ட திருநாவுக்கரசர், அப்பூதி அடிகளைக் கண்டு தம்மை அடையாளம் காட்ட, அவரும் மகிழ்ந்து அவருடைய இல்லத்துக்கு விருந்துண்ண அழைத்தார். உணவு தயாரானதும் வாழை இலை பறிக்க மூத்த மகனை அனுப்ப, அவனை நாகம் தீண்டியது. நஞ்சு தலைக்கேற அவன் ஓடிவந்து இலையைக் கொடுத்து விட்டு இறந்தான். இந்த விபரம் அப்பருக்குத் தெரியாமல் இருக்க பெற்றோர், மகனை ஒரு பாயில் சுருட்டி வீட்டின் பின்புறம் வைத்துவிட்டு அப்பரை விருந்துண்ண அழைத்தார்கள். அவரும் வந்து அமர்ந்து அனைவருக்கும் திருநீறு கொடுக்க, மூத்த மகனை அழைத்தார். பெற்றோர் உண்மையைச் சொல்ல, அவர் இறந்த உடலை கோயில் முன் கொண்டு வரச்செய்து பதிகம் பாடி அவனை மீண்டும் உயிர்ப்பித்தார். பின்னர் அனைவரும் ஒன்றாக அமர்ந்து விருந்து உண்டனர்.

திருப்புகலூர் என்ற தலத்தில் திருஞானசம்பந்தருடன் இணைந்து முருக நாயனார் என்பவர் மடத்தில் தங்கியிருந்தார். அங்கு சிறுத்தொண்ட நாயனார், திருநீலநக்க நாயனார் ஆகிய இருவரும் வந்து உரையாடினர். ஐந்து நாயன்மார்களும் சந்தித்துக் கொண்ட அற்புதக் காட்சி முருக நாயனாரின் மடத்தில் நடந்தது. பின்னர், சம்பந்தருடன் வேதாரண்யம் சென்று அடைக்கப்பட்டிருந்த கோயில் கதவு திறக்கப் பாடினார். பின்னர், தனியாக பல தலங்களைத் தரிசனம் செய்து கயிலாய மலையைக் காண தொடர்ந்து சென்றார். வயதின் தன்மையால் அவர் களைப்படைந்தார். எனவே, சிவபெருமான் ஒரு குளத்தை உண்டாக்கி அங்கு முனிவர் வேடத்தில் வந்து அவரைப் பார்த்து "எங்கு செல்கிறீர்" என்று கேட்க, "கயிலைக் காட்சியைக் காணச் செல்கிறேன்" என்றார் அப்பர். அதற்கு முனிவர், "மனிதரால் காண முடியாது, அதனால் திரும்பிச் செல்லுங்கள்" என்று கூற, அதற்கு அப்பர், "கயிலைக் காட்சியைக் காண்பேன், இல்லையேல் உயிர் துறப்பேன்" என்றார்.

உடனே, இறைவன் அசரீரியாக, "இங்குள்ள குளத்தில் மூழ்கி திருவையாறு செல்லுங்கள், அங்கு கயிலாயக் காட்சியைக் காணலாம்" என்றார். அப்பரும் அவ்வாறே செய்ய, திருவையாற்றில் இறைவன் திருக்கயிலாயக் காட்சியை காட்டி அருளினார். அப்பர், மேலும் பல தலங்களைத் தரிசனம் செய்து உழவாரப் பணி செய்தார். 81 வயது வரை சமயப்பணி செய்த அப்பர் சித்திரை மாதம் சதய நட்சத்திரத்தில், திருப்புகலூர் தலத்தில் இறைவனடி சேர்ந்தார். இவர் பாடிய பாடல்கள் சைவத் திருமுறைகளில் நான்கு முதல் ஆறு முடிய மூன்று திருமுறைகளாக தொகுக்கப்பட்டுள்ளது.